Fué fundado como Colegio Femenino en el año 1933, gracias a la idea de la señorita Elduvina Villa Jaramillo y otras personas. Inicialmente el Colegio se llamó Santa Teresa y era solo para señoritas. El señor cura párroco de Entrerríos cedió el local que había sido construido para el hospital. Sus primeras profesoras fueron: Elduvina Villa Jaramillo, Emilia Lopera, Merceditas Pérez, Teresita Múnera, Efigenia Pérez. No obstante al esfuerzo de todos, un día el colegio dejó de existir.
El Sacerdote Ricardo Ruiz Gutiérrez trajo a las religiosas capuchinas el 14 de febrero de 1942 para conducir por nuevos rumbos el Colegio, que desde ese momento se llamó Santa Inés, las religiosas capuchinas abandonaron el Colegio el 18 de enero de1966.
Hubo varios cambios en la dirección del Colegio, en 1969 las pocas estudiantes del Colegio pasaron al liceo San Luís Beltrán, en ese año desaparece el colegio como institución educativa, pasando el archivo al liceo San Luís Beltrán.
En los años 80 y 90 funcionó en el local del Colegio, una fábrica de confecciones propiedad del señor Jairo Alonso Roldán.
En 1992, el padre Alberto Elías Palacio decide acondicionar un nuevo local y en febrero de 1993 renace nuevamente el Colegio Femenino Santa Inés, según el acta de apertura del 1º de febrero de 1993, bajo la dirección del licenciado José María Arcila García y las religiosas franciscanas de Nuestra Señora del Buen Consejo para ese año se matriculan 19 estudiantes..
En 1994 se matricularon 35 estudiantes y asume la Rectoría del Colegio la magíster María Resfa Arango Pérez, ex alumna del Colegio. El 23 de abril de 1994 se retiran las religiosas de Nuestra Señora del Buen consejo. En 1995 se matricularon 80 estudiantes. El 7 de febrero de 1995, llegan al Colegio dos religiosas de la congregación de la Presentación del Santísimo Rosario de origen cubano y se retiran del colegio el 15 de agosto del mismo año. En 1996, se matriculan 87 alumnas. Ese año la dirección del Colegio estuvo bajo el mando de las hermanas Teresitas del Niño Jesús, como Rectora la licenciada Hna. María Emma Pérez A. En 1997 el colegio continúa con la misma dirección. Este año sale la primera promoción de bachilleres académicos con énfasis en informática con un total de 6 estudiantes, siendo ellas: (Ceremonia efectuada el 1º de diciembre de ese año). Gloria Inés Restrepo Vélez, Moraima Andrea Londoño Pérez, Marisela Monsalve Tobón, Ximena Restrepo Mejía y Silvia Elena Londoño Uribe.
En el año de 1999, el colegio pasa de carácter femenino a mixto; se constituye la básica primaria con los grados 1º, 2º ,3º, 4º y 5º. En este año el colegio empieza a cumplir lo estipulado en la ley general de educación donde habla de la estructura del servicio educativo Capitulo I Educación formal (Art. 11) de los niveles de educación formal, siendo ellos: preescolar, educación básica: básica primaria, 5 grados y básica secundaria 4 grados y la educación media con dos grados 10º y 11º. En ese año se cuenta con 101 estudiantes matriculados y como rectora la señora Adriana Yaneth Londoño Londoño. El colegio Santa Inés fue aprobado de nuevo por secretaria de educación el 10 de diciembre de 1999 con resolución 11391.
En los años recientes el Colegio se ha direccionado desde la administración de la parroquia por parte de Monseñor Erasmo Arango y en diciembre de 2007 Las hermanas Teresitas se retiraron de la institución. En la actualidad el Colegio esta bajo la dirección de la Parroquia de Entrerríos en cabeza del presbítero Rodrigo Alberto Cinfuentes Vásquezy en la Rectoría se encuentra el licenciado Jhon Jairo Escobar Bedoya.
Entre los logros de mayor trascendía en el Colegio durante los años 2008 y 2009 se encuentra la implementación de la Media técnica en Sistemas, bajo el acompañamiento del Servicio Nacional de Aprendizaje (SENA), la cualificación de los procesos de las áreas del conocimiento, la restructuración del sistema contable y financiero del Colegio, la implementación del énfasis en el idioma inglés y la reclasificación del Colegio ante el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior (ICFES) en el nivel SUPERIOR. Acciones que han llevado al Colegio a clasificarse como una de las mejores instituciones de educación básica y media en el norte del departamento de Antioquia y en relación a la Diócesis de Santa Rosa
